La fauna del término municipal se encuentra muy mermada e influida por aspectos antrópicos, debido fundamentalmente a la escasez de áreas forestales y naturales. Las comunidades faunísticas más numerosas y variadas se localizan especialmente en el río Genil y sus márgenes, así como en la masa forestal de repoblación y en las áreas de matorral existentes. No obstante, también hay que señalar que diversas especies transitan, o incluso se adaptan, al medio transformado por las actividades agrícolas.

Con base en las comunidades vegetales existentes en la zona y teniendo en cuenta que cada comunidad vegetal puede considerarse como un hábitat óptimo para un determinado número de especies de fauna, se definen los principales hábitat faunísticos y sus especies de fauna asociada.

La vegetación natural propia del área ha sido eliminada por el intenso aprovechamiento agrícola que ha sufrido la zona desde tiempos históricos. El marcado carácter antrópico del área ha determinado la existencia de una vegetación dominada por distintos tipos de cultivos, relegando la vegetación original a las zonas de fuertes pendientes próximas al río Genil.

La vegetación actual de Palenciana está formada principalmente por cultivos leñosos de olivares y almendros, junto con parcelas dedicadas a cultivos herbáceos en regadío (cereales de invierno para forrajes) y otras en secano (fundamentalmente trigo). Son frecuentes asimismo en los bordes de caminos y límites entre parcelas especies ruderales, propias de ambientes humanizados.

Como muestras de la vegetación natural, en el escarpe situado al norte del núcleo urbano de Palenciana, se encuentra una repoblación de pino (Pinus halapensis). Junto a ésta aparecen otras especies principalmente arbustivas, como la retama (Retama sphaerocarpa), la coscoja (Quercus coccifera), el lentisco (Pistacia lentiscus) y el acebuche (Olea europaea subsp. sylvestris), así como algunas matas, tales como el tomillo (Thymus spp.) y la pegamoscas (Ononis natrix).

A orillas del río Genil aparecen especies propias de vegetación de ribera, tanto arbóreas como arbustivas, tales como álamos blancos (Populus alba), sauces (Salíx spp.), tarays (Tamarix spp.), higueras (Ficus carica), adelfas (Nerium oleander) y zarzas (Rubus ulmifolius, Smilax aspera y Rosa spp.). Las zonas más claras de las márgenes del río suelen estar colonizadas por carrizales de Phragmites australis y espadañares de Typha dominguensis.

Éstas últimas especies, junto con zarzas y algunas especies arbustivas, se encuentran en las márgenes del arroyo Salinilla, si bien en el tramo de cabecera ya empieza a aparecer vegetación higrófila.